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Ramon Roca Pinilla

Investigador en Children's Medical Research Institute, Sydney

Ingeniería de proteínas desde la IA hasta la validación preclínica.

Ingeniero biomédico que trabaja en diseño computacional de proteínas, validación experimental y modelos traslacionales para el descubrimiento antimicrobiano y la terapia génica.

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  • Diseño computacional
  • Validación experimental
  • Terapia génica y antimicrobianos
Esquema · 00InteractivoNC
Residuos de aminoácidos plegándose en una proteína.
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01Posición actual

Investigador

Children's Medical Research Institute, Sídney

Construimos una plataforma computacional para el descubrimiento de péptidos antimicrobianos —de predicciones con modelos de lenguaje de proteínas a validación preclínica en modelos de ratón— y extendimos el enfoque a la ingeniería de cápsides de AAV para terapia génica.

Método

  1. 01

    Secuencia

  2. 02

    Modelo

  3. 03

    Laboratorio

  4. 04

    In vivo

02Investigación seleccionada

Investigación seleccionada

Ingeniería de proteínas desde el diseño computacional hasta la validación preclínica, entre el descubrimiento antimicrobiano y la terapia génica.

  1. 012024Molecular Therapy

    Generación de CAR-T mediada por AAV

    Evolucioné cápsides AAV que mejoraron la generación dirigida de CAR-T y redujeron la dosis vectorial necesaria en edición de linfocitos T primarios.

    • Evolución de cápsides
    • AAV
    • Terapia génica
    Ver artículo: Generación de CAR-T mediada por AAV

  2. 022024Nature Communications

    Perfusión hepática normotérmica

    Usé perfusión de hígado humano completo para comparar vectores AAV en un modelo preclínico con relevancia clínica.

    • Preclínico
    • AAV
    • Traslacional
    Ver artículo: Perfusión hepática normotérmica

  3. 032023Molecular Therapy Methods & Clinical Development

    Modelo ratón FRG y AAV-LK03

    Caractericé el modelo de ratón humanizado FRG y desarrollé una variante de AAV-LK03 con mejor biodistribución lobulillar hepática.

    • Biodistribución
    • Modelos
    • Vectorología
    Ver artículo: Modelo ratón FRG y AAV-LK03

Más publicaciones

03Foco de investigación

Competencias principales

  • 01

    Modelos de lenguaje de proteínas

    ESM-2, ProtTrans, análisis de secuencias con pLM

  • 02

    Ingeniería de cápsides AAV

    Evolución dirigida, librerías de cápsides, ingeniería de tropismo

  • 03

    Python y ciencia de datos

    PyTorch, scikit-learn, pandas, pipelines de datos

  • 04

    Descubrimiento antimicrobiano

    Diseño de péptidos, ensayos MIC, eficacia in vivo

  • 05

    Validación preclínica

    Modelos de ratón, farmacocinética, toxicología

  • 06

    Biología molecular

    Clonaje, expresión proteica, ensayos funcionales

04Experiencia

Experiencia y evidencia

Tres países, tres laboratorios, un solo foco: convertir ideas a nivel de secuencia en evidencia experimental.

Me formé en Biotecnología en la UAB, hice un máster en Ingeniería Biomédica en UC Irvine y volví a la UAB para un doctorado en el que diseñamos proteínas antimicrobianas de principio a fin —del diseño de secuencia a la producción recombinante y los ensayos funcionales—. De esa etapa salieron dos patentes y cuatro artículos como primer autor.

En el CMRI de Sídney construimos una plataforma para analizar millones de secuencias y descubrir cientos —a veces miles— de nuevos péptidos antimicrobianos. Con modelos de lenguaje de proteínas, probamos esas predicciones tanto en el laboratorio como en modelos preclínicos. En paralelo, aplicamos IA generativa a la ingeniería de proteínas para diseñar cápsides de AAV para terapia génica.

  1. 2021 - 2026

    Investigador

    Children's Medical Research Institute, Sídney

    Construimos una plataforma computacional para el descubrimiento de péptidos antimicrobianos —de predicciones con modelos de lenguaje de proteínas a validación preclínica en modelos de ratón— y extendimos el enfoque a la ingeniería de cápsides de AAV para terapia génica.

  2. 2016 - 2020

    Investigador predoctoral

    UAB e IRTA, Barcelona

    Diseñamos proteínas antimicrobianas desde cero —clonaje, producción recombinante, ensayos funcionales—. Dos patentes y cuatro artículos como primer autor, ocho en total.

  3. 2015 - 2016

    Investigador de posgrado

    University of California, Irvine

    Rastreamos la dinámica del receptor de estrógenos en células vivas con microscopía de fluorescencia de molécula única y análisis cuantitativo de imagen.

05Hablar de una oportunidad

Proteínas hechas para lo que viene después de la predicción.

Abierto a roles y colaboraciones donde el diseño computacional, la biología molecular y la validación traslacional tengan que trabajar juntos.

ramon.rocap@gmail.com
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