Somiant proteïnes in silico. Demostrant-les al laboratori.
Dissenyo i valido proteïnes per al descobriment antimicrobià i la teràpia gènica, traduint idees a nivell de seqüència en evidència experimental.
Fins que la resistència als antibiòtics deixi de guanyar-nos terreny.
De models de llenguatge de proteïnes a models de ratolí.
Investigador, CMRI Sydney · 20+ publicacions · 300+ citacions · 2 patents
Children's Medical Research Institute, Sydney
Investigador
Vam construir una plataforma computacional per al descobriment de pèptids antimicrobians —de prediccions amb models de llenguatge de proteïnes a la validació preclínica en models de ratolí— i vam estendre el mateix enfocament a l'enginyeria de càpsides d'AAV per a teràpia gènica.
Competències principals
Investigador predoctoral
UAB i IRTA, Barcelona
Investigador de postgrau
University of California, Irvine
01. Treballs seleccionats
Enginyeria de proteïnes des del disseny computacional fins a la validació preclínica, entre el descobriment antimicrobià i la teràpia gènica.
02. La història
Trobant el senyal terapèutic en un mar de soroll biològic.
Tres països, tres laboratoris, una obsessió: convertir la seqüència en teràpia.
Em vaig formar en Biotecnologia a la UAB, vaig fer un màster d'Enginyeria Biomèdica a UC Irvine i vaig tornar a la UAB per a un doctorat en què vam dissenyar proteïnes antimicrobianes de cap a peus —del disseny de seqüència a la producció recombinant i els assajos funcionals—. D'aquella etapa van sortir dues patents i quatre articles com a primer autor.
Al CMRI de Sydney vam muntar una plataforma per analitzar milions de seqüències i descobrir centenars —a vegades milers— de nous pèptids antimicrobians. Amb models de llenguatge de proteïnes i els avenços recents en IA, vam provar aquestes prediccions tant al laboratori com en models preclínics. En paral·lel, vam aplicar IA generativa a l'enginyeria de proteïnes per dissenyar càpsides d'AAV per a teràpia gènica.
Competències principals
Models de llenguatge de proteïnes
ESM-2, ProtTrans, anàlisi de seqüències amb pLM
Enginyeria de càpsides AAV
Evolució dirigida, llibreries de càpsides, enginyeria de tropisme
Python i ciència de dades
PyTorch, scikit-learn, pandas, pipelines de dades
Descobriment antimicrobià
Disseny de pèptids, assajos MIC, eficàcia in vivo
Validació preclínica
Models de ratolí, farmacocinètica, toxicologia
Biologia molecular
Clonatge, expressió proteica, assajos funcionals
Investigador
Children's Medical Research Institute, SydneyVam construir una plataforma computacional per al descobriment de pèptids antimicrobians —de prediccions amb models de llenguatge de proteïnes a la validació preclínica en models de ratolí— i vam estendre el mateix enfocament a l'enginyeria de càpsides d'AAV per a teràpia gènica.
Investigador predoctoral
UAB i IRTA, BarcelonaVam dissenyar proteïnes antimicrobianes des de zero —clonatge, producció recombinant, assajos funcionals—. Dues patents i quatre articles com a primer autor, vuit en total.
Investigador de postgrau
University of California, IrvineVam rastrejar la dinàmica del receptor d'estrògens en cèl·lules vives amb microscòpia de fluorescència de molècula única i anàlisi quantitativa d'imatge.
El codi no mata bacteris. Però em diu on apuntar.
Unint computació i biologia. 20+ publicacions, 300+ citacions i 2 patents en descobriment de fàrmacs antimicrobians i enginyeria de proteïnes.
Investigador, CMRI Sydney · 20+ publicacions · 300+ citacions · 2 patents