Salta al contingut
Ramon Roca Pinilla

Investigador al Children's Medical Research Institute, Sydney

Enginyeria de proteïnes des de la IA fins a la validació preclínica.

Enginyer biomèdic que treballa en disseny computacional de proteïnes, validació experimental i models translacionals per al descobriment antimicrobià i la teràpia gènica.

Veure recercaContacte
  • Disseny computacional
  • Validació experimental
  • Teràpia gènica i antimicrobians
Esquema · 00InteractiuNC
Residus d'aminoàcids plegant-se en una proteïna.
Publicacions
20+
Citacions
300+
Patents
2
Països
3

01Posició actual

Investigador

Children's Medical Research Institute, Sydney

Vam construir una plataforma computacional per al descobriment de pèptids antimicrobians —de prediccions amb models de llenguatge de proteïnes a la validació preclínica en models de ratolí— i vam estendre el mateix enfocament a l'enginyeria de càpsides d'AAV per a teràpia gènica.

Mètode

  1. 01

    Seqüència

  2. 02

    Model

  3. 03

    Laboratori

  4. 04

    In vivo

02Recerca seleccionada

Recerca seleccionada

Enginyeria de proteïnes des del disseny computacional fins a la validació preclínica, entre el descobriment antimicrobià i la teràpia gènica.

  1. 012024Molecular Therapy

    Generació de CAR-T mediada per AAV

    Vaig evolucionar càpsides AAV que milloraven la generació dirigida de CAR-T i reduïen la dosi vectorial necessària en l'edició de limfòcits T primaris.

    • Evolució de càpsides
    • AAV
    • Teràpia gènica
    Veure article: Generació de CAR-T mediada per AAV

  2. 022024Nature Communications

    Perfusió hepàtica normotèrmica

    Vaig fer servir perfusió de fetge humà complet per comparar vectors AAV en un model preclínic amb rellevància clínica.

    • Preclínic
    • AAV
    • Translacional
    Veure article: Perfusió hepàtica normotèrmica

  3. 032023Molecular Therapy Methods & Clinical Development

    Model ratolí FRG i AAV-LK03

    Vaig caracteritzar el model de ratolí humanitzat FRG i vaig desenvolupar una variant d'AAV-LK03 amb millor biodistribució lobular hepàtica.

    • Biodistribució
    • Models
    • Vectorologia
    Veure article: Model ratolí FRG i AAV-LK03

Més publicacions

03Focus de recerca

Competències principals

  • 01

    Models de llenguatge de proteïnes

    ESM-2, ProtTrans, anàlisi de seqüències amb pLM

  • 02

    Enginyeria de càpsides AAV

    Evolució dirigida, llibreries de càpsides, enginyeria de tropisme

  • 03

    Python i ciència de dades

    PyTorch, scikit-learn, pandas, pipelines de dades

  • 04

    Descobriment antimicrobià

    Disseny de pèptids, assajos MIC, eficàcia in vivo

  • 05

    Validació preclínica

    Models de ratolí, farmacocinètica, toxicologia

  • 06

    Biologia molecular

    Clonatge, expressió proteica, assajos funcionals

04Experiència

Experiència i evidència

Tres països, tres laboratoris, un sol focus: convertir idees a nivell de seqüència en evidència experimental.

Em vaig formar en Biotecnologia a la UAB, vaig fer un màster d'Enginyeria Biomèdica a UC Irvine i vaig tornar a la UAB per a un doctorat en què vam dissenyar proteïnes antimicrobianes de cap a peus —del disseny de seqüència a la producció recombinant i els assajos funcionals—. D'aquella etapa van sortir dues patents i quatre articles com a primer autor.

Al CMRI de Sydney vam muntar una plataforma per analitzar milions de seqüències i descobrir centenars —a vegades milers— de nous pèptids antimicrobians. Amb models de llenguatge de proteïnes, vam provar aquestes prediccions tant al laboratori com en models preclínics. En paral·lel, vam aplicar IA generativa a l'enginyeria de proteïnes per dissenyar càpsides d'AAV per a teràpia gènica.

  1. 2021 - 2026

    Investigador

    Children's Medical Research Institute, Sydney

    Vam construir una plataforma computacional per al descobriment de pèptids antimicrobians —de prediccions amb models de llenguatge de proteïnes a la validació preclínica en models de ratolí— i vam estendre el mateix enfocament a l'enginyeria de càpsides d'AAV per a teràpia gènica.

  2. 2016 - 2020

    Investigador predoctoral

    UAB i IRTA, Barcelona

    Vam dissenyar proteïnes antimicrobianes des de zero —clonatge, producció recombinant, assajos funcionals—. Dues patents i quatre articles com a primer autor, vuit en total.

  3. 2015 - 2016

    Investigador de postgrau

    University of California, Irvine

    Vam rastrejar la dinàmica del receptor d'estrògens en cèl·lules vives amb microscòpia de fluorescència de molècula única i anàlisi quantitativa d'imatge.

05Parlar d'una oportunitat

Proteïnes fetes per al que ve després de la predicció.

Obert a rols i col·laboracions on el disseny computacional, la biologia molecular i la validació translacional hagin de treballar junts.

ramon.rocap@gmail.com
Enviar email

Perfils